Sejak mulai berkembangnya Pendidikan Ma’arif di berbagai daerah khususnya di Kabupaten Kebumen, MWC NU Kecamatan Ayah mulai menampung pemikiran-pemikiran dari warganya yang menyadari perlunya mendirikan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) di bidang Teknologi dan Industri. Sebagai bukti nyata kepedulian warga NU dibidang kemasyarakatan melalui sarana pendidikan.  Berdasarkan rapat MWC NU Kecamatan Ayah pada tanggal 28 Agustus 2000 dengan mengambil tempat di Gedung Pondok Pesantren Baitussalam Kademangan Desa Demangsari yang dihadiri pula oleh Bapak Drs. H. Maskub selaku Ketua Cabang NU Kabupaten Kebumen, didalam pidatonya beliau menyarankan agar di Kecamatan Ayah segera didirikan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) di Bidang Teknologi, mengingat warga NU di Kecamatan Ayah sangat banyak. Setelah selesai pidato Ketua Cabang NU Kabupaten Kebumen pimpinan rapat membentuk komisi-komisi peserta rapat sekaligus diadakan pandangan-pandangan umum dari semua komisi. Diantaranya keputusan rapat MWC NU Kecamatan Ayah yang sangat penting adalah pendirian Sekolah Menengah Kejuruan Ma’arif di Ayah, dengan alasan sebagai berikut :

1. Jumlah lulusan SLTP di wilayah Kecamatan Ayah  setiap tahun cukup banyak dan daya tampung SMU/SMK yang ada belum memadai.
2. Harapan masyarakat setempat dan sekitarnya terlebih orang tua para siswa SLTP yang ada di Kecamatan Ayah untuk meringankan beban pembiayaan pendidikan yang ditanggungnya.
3. Bahwa Lembaga Pendidikan Ma’arif Cabang Kebumen telah menyelenggarakan pendidikan jenjang TK, MI, MTs, SLTP, SMU dan SMK.

Pada tanggal 10 September 2000 MWC NU Kecamatan Ayah mengadakan rapat terbatas guna membahas tentang pendirian SMK Ma’arif tersebut. Akhirnya didalam rapat menghasilkan suatu Keputusan Pembentukan  Panitia Pendiri SMK Ma’arif Ayah adalah sebagai berikut :

• K.H. Ahmad Buchori (Penasehat)
• Ahmad Salimun, S. Ag. (Penasehat)
• K.H. Ridwan Ali Barokah (Penasehat)
• K.H. Ahmad Khudaifah (Ketua Panitia)
• K. Slamet  Purwadi B.A. (Wakil Ketua)
• H. Abu Kosim (Sekertaris I)
• Mahfudz B.A. (Sekertaris II)
• H. Mohammad Mauludin (Bendahara I)
• H. Buang Hadi Pribadi (Bendahara II)
• K. Khoirul Anam (Anggota)
• H. Sutarsono (Anggota)
• H. Hasan Mustangin (Anggota)

Setelah diusulkan ke LP Ma’arif Cabang Kebumen pada tanggal 15 September 2000 maka ditetapkan oleh Ketua LP Ma’arif NU Kabupaten Kebumen dengan Surat Keputusan No. 04/MRF/P.3/IX/2000. Selesai pembuatan proposal Permohonan Pendirian SMK Ma’arif Ayah tanggal 1 Oktober 2000 dan pada tanggal 17 Oktober 2000 Panitia menghadap kepada Kepala Departemen Pendidikan Nasional Kabupaten Kebumen dan diperiksa oleh team Pengawas Dikmenjur Kanwil Depdiknas Provinsi Jawa Tengah untuk Kabupaten Kebumen pada tanggal 18 November 2000 dan disetujui oleh Kantor Departemen Pendidikan Nasional Kabupaten Kebumen pada tanggal 28 November 2000, setelah itu Permohonan Pendirian SMK Ma’arif Ayah tersebut diteruskan melalui Kepala Daerah Tingkat II Kabupaten Kebumen dan disetujui pada tanggal 26 Desember 2000.

Pada tanggal 7 Januari 2001 Panitia Pendiri menghadap kepada Kepala Seksi Pendirian Sekolah Menengah Kejuruan Swasta Kanwil Depdiknas Provinsi Jawa Tengah di Semarang. Diperiksa oleh team Pendirian Sekolah Menengah Kejuruan Swasta Kanwil Depdiknas Provinsi Jawa Tengah pada tanggal 21 Februari 2001 yang dipimpin langsung oleh Drs. Misbandono, dihadiri oleh semua Panitia  Pendiri dan Tokoh Masyarakat di lingkungan Kecamatan Ayah.

Dengan ridlo Alloh SWT, SMK Ma’arif  6 Ayah Kabupaten Kebumen dapat disetujui oleh Kanwil Depdiknas Provinsi Jawa Tengah pada tanggal 23 April 2001 dengan Surat Persetujuan No. 1309/103.08/MN/2001 tanggal 3 April 2001. Setelah selesai pendirian SMK Ma’arif 6 Ayah , Panitia Pendiri menyatakan bubar dan menjelma menjadi Pengurus SMK Ma’arif 6 Ayah yang mengangkat dan memberhentikan guru dan pegawai, mengurusi kebutuhan-kebutuhan sekolah, gaji guru, pegawai, dan pengadaan gedung sekolah. Pengurus SMK Ma’arif 6 Ayah mengadakan rapat pada tanggal 15 Mei 2001 mengangkat calon Kepala Sekolah saudara Agus Ahmad Sarwasis dengan surat Keputusan Pengurus No. 04/P/SMK/MRF/V/2001 tanggal 15 Mei 2001. Sebelum  aktif menjalankan tugas tanggal 1 Juli 2001 berkewajiban memimpin Pembentukan Panitia Pendaftaran Siswa Baru Tahun Pelajaran 2001/2002. 

Panitia PSB mulai bekerja sejak diangkat dengan Surat Keputusan  Kepal SMK Ma’arif 6 Ayah  No. 06/SMK/MRF/V/PSB/2001 dengan serempak dan bertanggungjawab selama 2 bulan penuh melaksanakan tugasnya sebagai Panitia Pendaftaran  Siswa Baru Tahun 2001/2002 dengan mempersiapkan administrasi kepanitiaan seperti :

• Pembuatan Spanduk
• Pembuatan info selebaran
• Pembuatan blangko pendaftaran
• lain-lain  

Mulai tanggal 2 Juli 2001 Panitia Pendaftaran mulai melaksanakan tugas menerima pendaftaran siswa-siswi yang datang dari berbagai daerah. Pada penutupan pendaftaran dan melalui seleksi lebih dulu yang akhirnya  terdaftar siswa resmi sebagai berikut :

• Kelas I A Mesin (41 siswa)
• Kelas I B Mesin (42 siswa)
• I Elektro (26 siswa)